Durante la presidencia del Dr. Manuel Prado Ugarteche, un 27 de agosto de 1943, se expidió el Decreto Supremo de creación del Colegio Militar y por ley expedida el 18 de enero de 1944, se le dio el nombre de ¨Leoncio Prado¨, héroe de la guerra con Chile.
Su finalidad era impartir conocimientos de nivel secundario inculcando virtudes castrenses, para facilitar el buen desempeño de quienes aspiraban a ingresar a las instituciones militares.
El entonces general José del Carmen Marín Arista, fue el Director Fundador, quien tuvo la inmensa responsabilidad de poner en marcha con esfuerzo y acendrado cariño, un novedoso proyecto educativo de especial relevancia nacional, siendo sus funciones entre los años 1943 y 1945.
Bajo el lema institucional ¨Disciplina, Moralidad y Trabajo¨, se cumple con la misión de educar a la juventud, dentro de un régimen de trabajo, disciplina y respeto de los principios elementales de la dignidad humana y de los símbolos sagrados de la Patria.
Con respecto al local, desde sus inicios hasta la actualidad siempre lo ha constituido el cuartel de la ¨Guardia Chalaca¨, construido en 1932.
Dada su relevancia en la historia contemporánea del Perú y del mundo por la calidad de sus egresados, mismos que aportaron o cumplen actualmente roles importantes en la política, empresarial, social, artístico, deportivo o literario, fue reconocido en el año 2009, como ¨Colegio Emblemático del Perú¨.
